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内迁昆明重庆（1937－1945年）
相关链接： 创立中国人自办的医学院（1927－1932年） 独立建院、新校舍落成和创办中山医院（1932－1937年） 复员回沪艰辛维持（1945－1949年） 学校新生，确立党对学校的领导（1949－1951年） 建立新的领导体制和院系调整（1952－1955年） 全面建设社会主义医科大学（1956－1966年） 文化大革命的破坏（1966－1976年） 拨乱反正，恢复正常教学秩序（1976－1986年） 振兴上医，开创学校工作新局面（1987－1997年）
1937年7月7日抗日战争爆发，同年8月13日战火蔓延到上海。学校师生员工同仇敌忾，积极参加前线救护和伤兵医院工作。颜福庆总负责上海市的救护工作，枫林桥护士宿舍(今平江路宿舍)为伤兵分发站，中国红十字会第一医院为特约医院，中山医院为第六救护医院。3个月后上海沦陷，学院新校舍和中山、澄衷两医院均为日军占驻，十载创业，丧失殆尽。应元岳和王霖生在颜福庆亲自领导下，日以继夜地组织中山医院的撤退工作，在交通工具极度缺乏的情况下，直至日军占据前1小时，冒险将全部伤病员和设备转移完毕。 1938年2月颜福庆调离学校赴汉口就职，仍兼任院长，院务由教务主任朱恒璧代理。朱恒璧、应元岳、吴绍青分赴内地筹划内迁。1939年夏，部分教职工、六年级部分学生以及三、四、五年级的全部学生，经越南海防转赴昆明，与国立中正医学院合作，于哭名郊区白龙潭进行联合教学。1939年9月，与昆明惠滇医院、市立医院合作，安排高年级学生实习；1939难10月，学校公共卫生科与云南省卫生处合作，划曲靖为卫生实验区；1939年11月，又与中正医学院在昆明北门街合办联合门诊部。1940年日军侵桂，空袭频繁，师生协助昆明的中国红十字会进行医疗救护工作。刚毕业同学多人随军参加中缅救护队。
1939年夏，高年级学生内迁后，一、二年级及药科学生仍留上海坚持学习。学校被分为两个部分，上海部分由乐文照负责，读完二年级再安排内迁。当时上海的租界尚未被日军侵占，成为沦陷区中的“孤岛”，因此留沪教师租借地处租界的爱文义路(今北京西路)一幢小楼办公，与交通大学、上海商学院、上海音乐学院留沪师生合借南京路慈淑大楼上课。1941年12月8日太平洋战争爆发，日军占领租界，孤岛沦陷，学校被迫停课，国民党政府命令在沪师生内迁。1942年6月，除留下少数师生办理中国红十字会第一医院业务外，其余均由东南或西北转道赴渝，于1942年8月底陆续到达。由于汪伪垂涎中国红十字会第一医院财产，妄图接收，为保全学校和医院财产，留沪教师乃于1942年秋季招收新生，连续招收1948、1949、1950三届学生，乐文照任院长，周诚浒任教务主任，王霖生任总务主任，以中国红十字会第一医院为实习医院，直至抗战胜利。
注：本文原载于《上海医科大学七十年》 |
因昆明局势紧张，1940年10月择定重庆歌乐山院址，建筑临时校舍，于1941年1月迁渝。朱恒璧任院长，先后聘请冯德培、沈克非、陈翠贞、吴有训、周同庆、纪育沣、徐丰彦、蒋俊儒来校任教。学生在重庆中央医院、宽仁医院实习。1942年8月，开办助产师资专修科，招收毕业助产士入学，学制三年。1942年9月，香港大学医学院学生50人来院借读，学生人数激增。为适应教学需要，增建教室、实验室、饭厅、宿舍。
1944年2月，接办重庆中央医院为附属医院。1944年8月，开办医学专修科，招收初中毕业生，学制六年。1945年7月，又开办高级医事检验职业班，招收初中毕业生，学制三年。在战时动荡艰苦的环境下，教学、医疗及公共卫生实习均未中断。